新版有機肥料行業標準中明確指出，有機肥料生產原料應遵循“安全、衛生、穩定、有效”的基本原則，原料按目錄分類管理，分為適用類、評估類和禁用類。

適用類原料：

適用類原料分為4大類：種植業廢棄物、養殖業廢棄物、加工類廢棄物、天然原料。

種植業廢棄物：谷、麥及薯類秸稈；豆類作物秸稈；油料作物秸稈；園藝及其他作物秸稈、林草廢棄物。

養殖業廢棄物：畜禽糞尿及畜禽圈舍墊料（植物類）、廢飼料。

加工類廢棄物：麩皮、稻殼、菜籽餅、大豆餅、花生餅、芝麻餅、油葵餅、棉籽餅、茶籽餅等種植業加工過程中的副產物。

天然原料：草炭、泥炭、褐煤等。

禁用類原料：

禁止選用粉煤灰、鋼渣、污泥、生活垃圾（經分類陳化后的廚余廢棄物除外）、含有外來入侵物種物料和法律法規禁止的物料等存在安全隱患的禁用類原料。

評估類原料：

評估類原料是指需要通過安全評估才能用于生產有機肥。使用評估類原料生產有機肥，需符合相關安全性評價指標，提供相關合格的佐證材料。需要評估的原料如下：

1.植物源性中藥渣，需要檢測重金屬、抗生素及所用有機浸提劑含量等指標，需要佐證材料有機浸提劑說明及相關檢測報告；

2.廚余廢棄物（經分類和陳化），需要檢測鹽分、油脂蛋白質代謝物（氨類）、黃曲霉素、種子發芽指數等指標，需要佐證材料有處理工藝說明及檢測報告，處理工藝主要為脫鹽、脫油、固液分離等；

3.骨膠提取后的剩余骨粉，需要檢測化學萃取劑品種及含量等指標，需要佐證材料有化學萃取劑說明及檢測報告；

4.蚯蚓糞，需要檢測重金屬含量等，需要佐證材料有養殖原料說明及檢測報告；5.食品及及飲料加工有機廢棄物（酒糟、醬油糟、醋糟、味精渣、醬糟、酵母渣、薯渣、玉米渣、糖渣、果渣、食用菌渣等）需要檢測鹽分、重金屬含量指標，需要提供佐證材料有生產工藝說明及檢測報告，生產工藝主要包括化學添加劑的種類及含量說明；

6.糠醛渣，需要檢測持久有機污染物指標，并提供相關檢測報告；

7.水產養殖廢棄物（魚雜類、蟶子、魚類、貝雜類、海藻類、海松、海帶、蛤蜊皮、海草、海綿、蘊草、苔條等）都需要檢測鹽分、重金屬含量指標，提供佐證材料就是相關檢測報告及生產工藝說明。8.沼渣/液（限種植業、養殖業、食品及飲料加工業）都需要檢測鹽分、重金屬含量指標，提供佐證材料就是相關檢測報告及生產工藝說明。